주자는 『논어』·『맹자』를 중심으로 한 선진유학을 철학적으로 해석하여 미발함양공부의 근거로 삼았다. 즉 주희는 유가의 심성은 인식하는 것이 아니라 함양하는 것임을 규명하고 마음의 현행적 흐름에서 본체를 직관하거나 즉각적으로 인식하려는 여러 이론들을 비판하였다. 이는 불교의 심성개념을 받아들여 유학을 이해하는 학문적 흐름에 대한 비판적 평가이며 유가의 대응이라 볼 수 있다. 이를 통해 주자가 유학의 학문적 계승을 이루었고 주요 이론들을 정립하였다는 점에서 미발함양공부론의 철학사적 의의를 찾을 수 있다.
이렇게 미발함양공부론이 함양을 중심으로 한 공부론으로서 주자학과 다른 학문을 구별 짓는 중요한 특징이며 인간의 심성에 대한 깊은 철학적 사유라는 점에서, 이 책은 함양론을 동아시아 사유의 중요한 학문적 방법론으로 정위하였다. 이 책에서는 주자학(朱子學)의 미발(未發)을 심성(心性)의 합일지점으로 보고 그것이 자발성과 필연성을 갖는다는 점을 밝혀 기존의 주자학 연구를 비판하였으며, 미발을 함양(涵養)하는 공부론(工夫論)이 주자학 체계의 중심이며 다른 학파와의 변별점임을 규명하였다.