도쿄 만에 추락한 수송기에는 '13호'라고 불리는 무언가가 적재되어있었다……. 그리고 그 해역 내에서는 그리폰에 탑재됐던 'ASURA'를 회수하기 위해 샤프트사와 쿠로사키 일당 역시 활동 중이었는데, 탐색 중 사고를 만나 다이버를 잃기도 하는 등 좀처럼 성과를 올리지 못하고 있었다. 그 무렵, 제2소대는 도쿄 만의 바빌론 공사 구역 경비를 맡게 되었고 해상 메인터넌스 베이스에 누군가가 침입, 가드 로봇을 차례차례 파괴하는 현장을 목격하게 되는데.