책은 뇌과학의 등장과 그것이 가지는 환원주의적 특성을 살피고, 그 후 현대 종교학이 가지는 학문적 특성과 과제를 살펴볼 ‘환원주의와 종교학’으로 시작한다. 또한 인류가 뇌를 객관적으로 연구하기 시작한 과정을 역사적으로 개괄한 ‘뇌 연구의 역사’, 현대 뇌과학자들이 밝힌 뇌의 구조적 특징을 정리하고 뇌의 기능을 종교연구에 필요한 몇 개의 관점으로 묶어 정리한 ‘뇌의 구조와 기능’, 뇌과학의 연구 성과물들을 현 종교연구에 어떻게 적용되고 있는가를 살펴볼 ‘뇌과학과 종교연구’의 순서로 구성되어 있다.